1521-1524 Reformatorische Bewegungen in der Stadt erreichen einen Höhepunkt durch das Auftreten das Mönchs Gabriel Didymus Zwilling mit Verabreichen des Abendmahls in beiderlei Gestalt (Kompromiss von Eilenburg), Gewaltsame Vertreibung der Antoniusmönche, Wirkungsstätten Martin Luthers waren das Schloss, Stadtkirche und Bergkirche
1522-1524 Drucktätigkeit von Nicolaus Wiedemar in Eilenburg (Reformationsschriften, besonders Müntzerschriften)
1535 großer Stadtbrand
1544-1545 Neubau Rathaus, Stadtkirche
1547 Eilenburg wird albertinisch
1586 Geburt Martin Rinckarts in Eilenburg. Wirkte in Eilenburg von 1617 bis zu seinem Tode 1649 als Archidiakon. 1639 rettet er durch sein mutiges Auftreten die Stadt vor der Zerstörung durch die Schweden.
ab 1631 Direkte Einbeziehung der Stadt in die Kriegsereignisse des Dreißigjährigen Krieges.
1632 Aufbahrung das Schwedenkönigs Gustav II. Adolf im Gasthof "Roter Hirsch".
1637 Pestepidemie, große Hungersnot, Totenregister der Nikolaigemeinde: 3161 Begrabene (Schätzungen: 8000 Tote)